Так как предметом муниципального менеджмента являются социально-экономические системы территориальных образований, а его задачей - построение рациональной системы управления социально-экономическими территориальными системами, то этот метод особо важен.
Системный анализ - это всесторонний анализ, использующий принцип поэтапности, начиная от постановки цели, определения задачи, формулировки научной гипотезы, всестороннего изучения особенностей оптимального варианта размещения производства. При этом критерием оптимальности является эффективность, т.е. наибольшее удовлетворение потребностей населения.
Системный анализ - это метод, рассматривающий связи и целостности сложных систем. Управление на основе системного метода включает три этапа: определение сферы, области и масштаба деятельности субъекта управления, проведение непосредственно системного анализа, разработка альтернативных вариантов решения определенных проблем и выбор оптимального варианта.