Обеспечивая целостность Федерации и взаимодействие органов государственной власти, Президент РФ может использовать согласительные процедуры для разрешения разногласий между органами государственной власти РФ и органами государственной власти субъектов РФ и между органами государственной власти субъектов РФ. В случае недостижения согласованного решения он может передать дело на разрешение соответствующего суда. Президент применял эту форму разрешения разногласий между отдельными республиками и другими субъектами РФ, между органами законодательной и исполнительной власти Вологодской, Тульской и других субъектов РФ, Президент РФ может и сам быть стороной в согласительных консультациях (например, если Совет Федерации не утвердит его указ о чрезвычайном положении, не назначит на должность предложенную Президентом РФ кандидатуру). За письменными консультациями к Президенту обращались руководители органов законодательной власти некоторых субъектов РФ при изменении их конституций в 2000-х гг. и т.д.
Президент в соответствии с п. «к» ст. 831 Конституции РФ назначает и освобождает своих полномочных представителей. Такие представители назначаются в палаты парламента, в некоторые другие органы государства, в федеральные округа. Они содействуют осуществлению полномочий Президента в этих органах и на территориях (округах), координируют деятельность различных органов. Полномочные представители обладают исполнительно-распорядительными полномочиями по отношению к тем органам, при которых они состоят, но имели место факты, когда Президент РФ в кризисных условиях наделял на короткое время своего представителя властными полномочиями (в 1998 г. в Приморском крае). В соответствии с Указом Президента (2001 г.) полномочные представители Президента РФ подчиняются руководителю Администрации Президента РФ.
Президент РФ вправе приостанавливать действие актов исполнительной власти субъектов РФ в случае противоречия этих актов Конституции РФ, федеральным законам, международным обязательствам РФ, а также в случае нарушения прав и свобод человека и гражданина. Такие акты приостанавливаются до решения вопроса соответствующим судом. Президент РФ приостанавливал действие указов президентов Ингушской Республики, Республики Саха (Якутия), постановления главы администрации Ненецкого автономного округа, губернатора Курской области, администрации Воронежской области и др.
Президент имеет право воздействовать на отклоняющееся поведение субъектов Федерации, их должностных лиц. В частности, Президент РФ объявлял выговоры избранным губернаторам субъектов Федерации за неудовлетворительную работу по обеспечению законности (в связи с избирательными кампаниями). В соответствии со ст. 78 Конституции РФ Президент вместе с Правительством РФ обеспечивает «осуществление полномочий федеральной государственной власти на всей территории РФ». Следовательно, он вправе и обязан пресекать не только грубые формы нарушения правопорядка (организованное неповиновение, мятеж, создание незаконных вооруженных формирований), но и любое уклонение субъектов РФ от исполнения правовых актов Федерации, принятых в соответствии с ее компетенцией. Правда, это право выражено в общей формулировке. О конкретных мерах федерального принуждения в отношении субъектов РФ сказано выше (роспуск при определенных условиях законодательного органа субъекта Федерации, отрешение от должности высшего должностного лица субъекта РФ и др.).
Полномочия Президента РФ в отношениях с парламентом (законодательной властью) связаны с тем, что Президент является необходимым участником законодательного процесса, он обладает правом законодательной инициативы по всем вопросам, тогда как другие субъекты законодательной инициативы могут быть в этом ограничены (например, отдельный депутат Государственной Думы или член Совета Федерации не может предложить поправку к Конституции РФ).
Президент подписывает закон. Эта процедура не сводится к техническому действию постановки подписи на бумаге. Она обычно определяется как промульгация: подписание, санкционирование и распоряжение исполнительным органам выполнять закон. Президент вправе не подписать закон и возвратить его в парламент (право отлагательного вето в соответствии со ст. 107 Конституции). Он вправе это сделать не только по причине содержания закона (например, он находит его противоречащим Конституции), но, как постановил Конституционный Суд РФ, также если нарушен установленный порядок его принятия. Однако это должно быть точно установлено. Например, подсчет депутатов Государственной Думы кем-либо «по головам» недостаточное доказательство. Президентское вето применяется часто. Оно может быть преодолено парламентом путем повторного принятия закона, но квалифицированным большинством голосов. Президент РФ обязан подписать закон, если его вето преодолено (а такой отказ имел место). Дело может и не дойти до применения президентского вето, если до принятия закона используются, как это часто бывает, согласительные процедуры, и они приводят к общему мнению. Наряду с вето российский Президент использует иную форму: возвращение законов в парламент с резолюцией «Без рассмотрения», в том числе и в 2001 г. (обычно, если нарушен порядок принятия закона или есть разноречия в его тексте). Президент обращается к парламенту с ежегодными посланиями о положении в стране, об основных направлениях внутренней и внешней политики государства. Имели место бюджетные послания, другие послания тематического характера (например, в 1996 г. о национальной безопасности РФ).
Президент назначает дату очередных выборов в Государственную Думу. Он вправе распустить ее, но только в предусмотренных Конституцией случаях (при отказе Правительству в доверии, при двойном вотуме недоверия). При этом он вправе выбирать альтернативу: распустить Думу или уволить Правительство в отставку. При роспуске Думы он обязан назначить дату новых выборов. Президент не вправе распускать Думу в течение года после ее избрания и в течение полугода до окончания срока своих полномочий. Кроме того, он не может распускать Думу при выдвижении ею обвинения против Президента РФ (с момента официального выдвижения, а не со времени создания комиссии Думы). Государственная Дума не может быть распущена в период действия на всей территории РФ военного или чрезвычайного положения.
Президент назначает референдум, но не вправе инициировать его (он назначается, если будут собраны подписи 2 млн граждан).
По Конституции РФ Президент имеет обширные полномочия по 'отношению к исполнительной власти. Прежде всего, Президент формирует Правительство. Он представляет Государственной Думе кандидатуру Председателя Правительства (премьер-министра, хотя этот термин в Конституции не употребляется) и после получения согласия назначает Председателя Правительства, а затем и его членов (заместителей Председателя, министров). Как говорилось, согласия Думы на назначение членов Правительства не требуется, но в Конституции сказано, что заместителей премьер-министра и министров Президент назначает на должности и освобождает от должности по предложению Председателя Правительства. На практике назначенный премьер иногда ведет длительные переговоры с Президентом по этому вопросу и его предложения о составе Правительства Президент учитывает не всегда. Для освобождения от должности Председателя Правительства и тем более министров согласие Государственной Думы не требуется. Президент РФ неоднократно отправлял в отставку Председателя Правительства, его заместителей, министров (иногда это было сюрпризом для самого премьер-министра). Президент имеет право председательствовать на заседаниях Правительства, но делает это крайне редко. Перед вновь избранным Президентом Правительство слагает свои полномочия (что не требуется при избрании нового состава Государственной Думы) и формируется вновь (так было в 1996 и 2000 гг.).
Структуру Правительства определяет свои указом Президент (после консультаций с назначенным им премьер-министром). Он также издает указы о назначении конкретных лиц Председателем Правительства, его членами, руководителями других федеральных органов исполнительной власти.