Доходы муниципальных бюджетов почти всегда включают финансовую помощь, получаемую органами местного самоуправления от государственной власти (федерации или ее субъектов, от тех и других). Такая финансовая помощь оказывается из средств специального фонда поддержки муниципальных образований. Фонд создается за счет средств государственного бюджета и других поступлений как федеральный, и в каждом субъекте РФ он является частью соответствующих бюджетов (федерального и субъектов РФ). Фонд создается за счет отчислений от федеральных налогов и налогов, поступающих в бюджет субъектов Федерации. Распределение средств фонда осуществляется между муниципальными образованиями с учетом численности их населения, размеров территории, доли в населении детей различного возраста, пенсионеров, уровня жизни людей (дохода на душу населения) и других параметров. С учетом этих данных создается определенная процентная (или иная) формула для каждого муниципального образования. Фонд выдает дотации, субвенции и субсидии. Дотации средства, которые предоставляются на безвозмездной (без процентов) и безвозвратной основе (их не нужно отдавать, это не займы, а «подарки»). Дотации выделяются обычно слабым в финансовом отношении муниципальным образованиям, когда их собственные доходы малы. Дотации могут расходоваться органами местного самоуправления по собственному усмотрению.
Субвенции выделяются муниципальным образованиям тоже на безвозмездной и безвозвратной основе из федерального бюджета или бюджета субъекта Федерации, но в отличие от дотаций для использования в конкретных целях и в установленный срок. В случае неиспользования в установленных целях и в срок эти средства подлежат возвращению. Чаще всего они выделяются для развития инфраструктуры муниципального образования (например, для строительства небольшого моста или создания местной телефонной связи), для ликвидации стихийных бедствий и т.д. Субсидии средства, предоставляемые местным бюджетам сверху на условиях долевого финансирования целевых расходов (например, часть средств для строительства местной больницы).
Наконец, неналоговые доходы бюджетов муниципального образования могут состоять из перечислений от добровольных взносов и пожертвований граждан, предприятий, учреждений (иногда на цели, для которых создается внебюджетный фонд, например, для поддержки малолетних детей, мелкого предпринимательства); штрафов за загрязнение окружающей среды, порчу памятников истории и культуры, принадлежащих муниципальным образованиям, словом, это дополнительные средства, которые не могли быть учтены при принятии бюджета (они могли быть, а могли и не быть).
Часть таких доходов могут составлять так называемые целевые (ранее внебюджетные) фонды. Правда, Бюджетный кодекс РФ, вступивший в силу с 1 января 2000 г;, не предусматривает возможности образования внебюджетных фондов, обезличенное их существование приводило к злоупотреблениям в расходовании этих средств. Теперь представительными органами местного самоуправления создаются как целевые фонды для обеспечения отдельных программ (образования, помощь инвалидам и т.д.). Бюджетный кодекс не исключает расходов для обеспечения программно-целевого подхода при решении местных задач.
Расходная часть бюджетов муниципальных образований определяется их представительными органами (сельским сходом муниципального образования) при составлении местных бюджетов. Эти деньги расходуются на решение вопросов местного значения (строительство и ремонт необходимых объектов, местных дорог и т.д.), на инвестиции и расширение производства, для проведения местных выборов и референдумов, выплаты процентов и погашения долга по займам, капиталовложений в муниципальные и иные предприятия, страхования муниципальных объектов, муниципальных служащих, гражданской ответственности и предпринимательского риска, для выдачи дотаций малообеспеченным семьям и др.
Расходование целевых средств нередко происходит в форме муниципального заказа для выполнения определенных программ. Исполнитель (поставщик, подрядчик и др.) обычно выбирается по конкурсу. Заключается договор на выполнение работ, услуг. Расходование средств осуществляется тем органом местного самоуправления, который предусмотрен для этой цели уставом муниципального образования. Муниципальные органы имеют право контроля за ходом выполнения заказа.